Tingginya ketergantungan pada penggunaan software payroll dalam kegiatan administrasi penggajian sehari-hari di kalangan karyawan menyebabkan mereka lupa atau bahkan tidak tahu sama sekali bagaimana formulasi sesungguhnya yang terjadi pada proses tersebut untuk mendapatkan nilai nominal upah lembur berdasarkan data absensi lembur, baik untuk lembur hari kerja, lembur hari libur dan lembur hari libur besar. Begitu pula banyak pengguna software payroll yang juga belum memahami perhitungan pajak penghasilan pasal 21 untuk karyawan tetap dengan gaji bulanan yang berhubungan dengan struktur skala gaji (Matrix Salary), serta ditambah dengan perhitungan Jamsostek.